В далеком мире разгорелся конфликт между двумя инопланетными обществами. В игре Clash Of Aliens вы отправитесь с одним из них и будете командовать военными. Ваша армада должна вступить в бой против группы кораблей противника. Вы увидите свой основной транспорт перед собой на экране. Ниже будет панель управления. С его помощью вы отправите своих пилотов сражаться на своих лодках. Если они атакуют врага, они их удалят и дадут вам для этого уловки.